中心地处海淀区西直门外上园村3号一北京交通大学校园内，隶属于北京交通大学。中心占地面积1500平方米，建筑总面积4300平方米。设有全科诊室（内科、外科）、预防保健科、妇科、专家诊室、中医部、口腔科、理疗科、护理部、药房、东校区门诊部和B超心电、化验室、放射科等医技科室，为患者提供全科诊疗、急诊、巡诊、家庭病床等服务。服务人群包含学校教职工、学生、家属及周边群众共计约3.5万人，年平均门、急诊量达11万人次，为周边儿童提供计划免疫服务，每年承担着全校教职工、退休职工近5000人的健康体检，以及新生、毕业生1万多人次的健康体检工作。

中心拥有多台大型仪器设备。进口彩超、"B"超仪、进口医用X光诊断仪、进口电动牙科椅、美国进口全自动酶标测试仪、进口全自动生化分析仪、BRY-90A 型X型诊断机、中药煎药机，24小时心电血压动态检测系统、红外乳腺检测仪，非接触式眼压仪、口腔拍片机、细菌培养箱等。

北京交通大学医院是经首都精神文明建设委员主管部门验收合格的规范文明服务达标单位，是北京市技术监督主管部门核发批准的计量合格单位。1996年被海淀区卫生主管部门批准为一级甲等医院，2001年被北京市劳社局确定为北京市医保定点医疗机构，2002年被定为社区卫生服务中心。目前，医院的各项管理工作基本上实现了信息化管理。